В Индонезии предлагается несколько вариантов маршрутов для дайвинг сафари. Наиболее популярные из них:

• Бали - Комодо - Бали: классический маршрут для дайверов и любителей маскоплавания с посещением знаменитых Комодских Драконов. Удобный старт и возвращение на Бали позволяют сочетать с отдыхом на острове.
• Бали - море Флорес: односторонние маршруты позволяют забраться в более удалённые уголки Индонезии. Сафари стартуют с о. Бали, но на обратном пути будет необходим дополнительный перелёт.
• Западная Папуа, Раджа Ампат: разнообразные маршруты в этой привлекательной для дайверов провинции могут начинаться и заканчиваться в Амбоне, Соронге и т.п. в зависимости от индивидуальных графиков яхт.
• Север Сулавеси, Манадо: сафари позволяют осмотреть достопримечательности морского парка Бунакен и залива Лембе, известного своим чёрным вулканическим песком и лучшим илистым дайвингом в мире.
• Юг Сулавеси, Вакатоби: собственные самолёты курорта перенесут вас с острова Бали прямо к неповторимым красочным рифам, знаменитым на весь мир.
• Амбон - море Банда, с прекрасными макро-сайтами и не только
• Залив Сендераваси, где множество китовых акул

Лучшие курорты для дейли-дайвинга в Индонезии:

• Вакатоби, юг Сулавеси
• Манадо, север Сулавеси
• Набукко, восточный Калимантан

Бали. Этот известный тропический рай волшебства и красивых людей раскрывает истинную сущность Индонезии и предлагает уникальную смесь современных туристических развлечений и адреналиновых приключений.

Комодо. Наиболее известен своими "драконами" - Комодскими варанами, самыми большими из живущих на свете ящериц, названными в честь острова. Комодо, как считается, является одним из лучших в мире мест для погружений - особенно благодаря своим мягким кораллам и всему океанскому диапазону от китовых акул, солнечной рыбы, мант и скатов-орляков до карликовых морских коньков.

Остров Ломбок. Тихий и спокойный остров Ломбок к востоку от Бали - отличное место для ухода от суеты, с его пышными горами и тропическими пляжами как с художественной почтовой открытки. Здесь находится третий по величине вулкан в Индонезии, гора высотой 3726 метров под названием Ринджани, и озеро в её кратере под названием Сегара Анак.

Остров Сумба. Известный как Остров Сандалового дерева, Сумба известен своими лошадями и традиционными изделиями кустарного промысла, такими как тканный текстиль "икат".

Остров Флорес (Цветок). Длинный остров между Сумбавой и Тимором, усыпанный цепью вулканов, которая делит его на несколько областей с различными языками и традициями. Динамичная подводная среда содержит почти все разновидности кораллов и тропической рыбы.

Западный Тимор. Известен своим захватывающим пейзажем, который меняется от сухих скал до простирающихся пастбищ рогатого скота, а также это разнообразие изолированных культур отражено в его архитектуре.

Ириан Джая и острова Раджа Ампата. Ириан Джая - земля исключительного природного колорита с дикими непроницаемыми джунглями. Хорошо известное племя Асмат, которое сперва прославилось благодаря своим методам охоты за головами - а позже благодаря отличной резьбе по дереву,  населяет эту область. Вокруг Раджа Ампата и Ириан Джая дайв-сайты  обладают самый богатой жизнью среди коралловых рифов на Земле, насчитывая более 1200 видов рыбы. Это дайвинг высшего уровня, охватывающий всё, начиная от рэков в виде военных кораблей и самолетов, и заканчивая совместным плаванием с дельфинами.

Остров Банда. Островная группа Банда. в 100 милях к юго-востоку от Амбона, состоит из трех более крупных островов и семи меньших, расположившихся на краю самого глубокого моря Индонезии, Моря Банда. Около острова Манук глубина достигает больее чем 6500 метров. Местность вокруг острова Банда таит в себе знаменитые Морские Сады Малуку со своими яркими кораллами и красочной рыбой, снующей туда-сюда через кристально прозрачные и чистые воды.